Què fem

La plataforma de Genòmica i Transcriptòmica és un laboratori de recolzament a la investigació enfocat a donar consell, oferir servei en tècniques relacionades amb la genòmica o la transcriptòmica i en posar a disposició equipament específic per als personal investigador intern i per a la comunitat científica.

Qui som

Correu electrònic de contacte: transcriptomica@santpau.cat

Sandra Camino Lopez

Coordinació

Sonia Alcolea Ruiz

Personal tècnic

Equipament

Chromium X. Upgrade GEM-X (10x Genomics).
SeqStudioFlex 8 (Thermo Fisher Sci)
Absolute Q Digital PCR (Thermo Fisher Sci)
Affymetrix GS 3000 System array platform (upgrade 7G).
7900HT Fast Real-Time PCR system (96-well, 384-well, and TLDA blocs) (AB-Thermo Fisher Sci)
Bioanalyzer 2100 (Agilent Tech).
Nanodrop 2000 (Thermo Fisher Sci).
Qubit 3.0 (Thermo Fisher Sci)
Infinite M200 PRO (Tecan) lector de microplaques: espectrofotòmetre, fluorímetre, luminòmetre.

Serveis

La Plataforma de GT ofereix els següents serveis:

Quantificació i control de qualitat de mostres d’ àcids nucleics (Qubit 3.0, Nanodrop 2000 i Bioanalyzer 2100).
Chromium Single Cell Analysis: Anàlisi transcriptòmic / epigenòmic / proteòmic, a en cèl·lula única a partir de mostres fresques, congelades o fixades. Tècniques disponibles: Single-Cell Gene Expression (3′, 5′, Flex), Single Cell Immune Profiling, Single Cell ATAC, Single Cell Multiome (ATAC+GEx).
Processament de mostres per a estudis amb Microarrays (Affymetrix) (Expressió gènica, perfils de miRNA, Citogenètica, GWAS)
Real-time PCR (Expressió gènica, detecció de miRNA, discriminació alèl·ica , variació en nombre de còpies (CNV), quantificació absoluta….).
PCR digital: Copy Number Variation, detecció de dianes (ARN, ADN) en molt baixa concentració (biopsia líquida, molt baixa expressió gènica,…), quantificació de llibreries… anàlisi de mostres amb elevat nivell d’inhibidors (vs qPCR),…
Next-Generation Sequencing: preparació de llibreries i seqüenciació d’exomas, seqüenciació d’ARNs o ADNs diana, d’ARNs petits, seqüenciació de novo, ChiP-Seq, seqüenciació de gen 16S, metagenòmica… La seqüenciació es realitza de forma externalitzada.
Seqüenciació Sanger: seqüenciació d’ADN, anàlisi de mutacions i polimorfismes, estudis de metilació de l’ADN, identificació de microorganismes, confirmació de edició gènica (CRISPR, TALEN, …), etc.
Anàlisi de fragments: auteticació de línies cel·lulars, estudi de variació de nombre de còpies (MLPA), pèrdua d’heterozigositat (LOH), estudi de genotipatge, inestabilitat de microsatèl·lits, estudis d’expansió d’ADN repetitiu…
Anàlisi de dades òmiques.

Formació

Alguns dels equips utilitzats per portar a terme aquestes tècniques són accessibles en format autoservei, per al personal investigador després de realitzar una formació específica.

Des de la plataforma també es donen altres formacions o seminaris sobre tècniques o tecnologies específiques, relacionades amb la genòmica.