Coordinació
Sandra Camino
E-mail: SCamino@santpau.cat / transcriptomica@santpau.cat
Telf: 93 553 7226 o ext interna: 7226/8102
Personal Tècnic
Sonia Alcolea
E-mail: SAlcolea@santpau.cat / transcriptomica@santpau.cat
Telf intern: 1285
Funcions
La plataforma de Genòmica i Transcriptòmica és un laboratori de recolzament a la investigació enfocat a donar consell i oferir serveis específics en tècniques genòmiques o transcritòmiques i en possar a disposició equipament específic per als investigadors i la comunitat científica.
En concret, la Plataforma de GT ofereix els següents serveis:
- Quantificació i control de qualitat de mostres d’ àcids nucleics (Qubit 3.0, Nanodrop 2000 i Bioanalyzer 2100)
- Chromium Single Cell Analysis: Anàlisi transcriptòmic / epigenòmic / proteòmic, a partir de cèl·lula única fresca o a partir de mostres FFPE. Tècniques disponibles: Single Cell Gene Expression (3′, 5′, Flex), Single Cell Immune Profiling, Single Cell ATAC, Single Cell Multiome (ATAC+GEx)
- Processament de mostres per a estudis amb Microarrays (Affymetrix) (Expressió gènica, perfils de miRNA, Citogenètica, GWAS)
- Real-time PCR (Expressió gènica, detecció de miRNA, discriminació alèl·ica , variació en nombre de còpies (CNV), quantificació absoluta….)
- PCR digital: Copy Number Variation, detecció de dianes (ARN, ADN) en molt baixa concentració (biopsia líquida, molt baixa expressió gènica,…), quantificació de llibreries… anàlisi de mostres amb elevat nivell d’inhibidors (vs qPCR),…
- Next-Generation Sequencing:
- preparació de llibreries i seqüenciació d’exomas, seqüenciació d’ARNs o ADNs diana ( tecnologia Ampli-Seq), seqüenciació d’ARNs petits, seqüenciació de novo, ChiP-Seq, seqüenciació de gen 16S, metagenòmica…
- preparació de llibreries per seqüenciació d’ARN (RNA-seq) i altres
- Seqüenciació Sanger: seqüenciació d’ADN, anàlisi de mutacions i polimorfismes, estudis de metilació de l’ADN, identificació de microorganismes, confirmació de edició gènica (CRISPR, TALEN, …),…
- Anàlisi de fragments: auteticació de línies cel·lulars, estudi de variació de nombre de còpies (MLPA), pèrdua d’heterozigositat (LOH), estudi de genotipat, inestabilitat de microsatèl·lits, estudis d’expansió d’ADN repetitiu…
- Anàlisi de dades òmiques
Alguns dels equips utilitzats per portar a terme aquestes tècniques són accessibles, en format autoservei, per als investigadors després de realitzar una formació específica.
La plataforma ofereix un servei de qualitat acreditat per la certificació ISO 9001:2015.
Equipament específic
- NOU! Chromium iX. Upgrade GEM-X (10x Genomics).
- NOU! SeqStudioFlex 8 (Thermo Fisher Sci)
- NOU! Absolute Q Digital PCR (ThermoFisher Sci)
- Affymetrix GS 3000 System array platform (upgrade 7G).
- 7900HT Fast Real-Time PCR system (96-well, 384-well, and TLDA blocs) (AB-ThermoFisher Sci)
- Bioanalyzer 2100 (Agilent Tech).
- Nanodrop 2000 (ThermoFisher Sci).
- Qubit 3.0 (ThermoFisher Sci)
- Infinite M200 PRO (Tecan) lector de microplaques: espectrofotòmetre, fluoròmetre, luminòmetre.
- Ion GeneStudio S5 Next-Generation Sequencing System, amb Ion Chef System (ThermoFisher Sci).
Subvencions
- IRHSCSP. “Affymetrix Microarrays System”. Cofinançament: FEDER.
- IRHSCSP. “DNA genetic analyzer and protein arrays platform for the Genomics and Proteomics area of the Technical Laboratory for scientific and technical support”. IF07/3675-1. Cofinançament: FEDER.
- IIBSantPau. “Adquisición de equipo para análisis genómico de célula única para la plataforma de Genómica y Transcriptómica” (IFEQ22/00041). Instituto de Salut Carlos III. Fons Next Generation (UE).
- IIBSantPau. “Adquisición equipo de electroforesis capilar. Secuenciador 8 capilares para la plataforma de Genómica y Transcriptómica” (IFEQ22/00059). Instituto de Salut Carlos III. Fons Next Generation (UE).
- IIBSantPau. “Adquisición de un equipo de PCR digital para la plataforma de Genómica y Transcriptómica” (IFEQ22/00060). Instituto de Salut Carlos III. Fons Next Generation (UE).
Formularis
Formulari Plataforma Genòmica i Transcriptòmica (CAT)
Darrera actualització: 06 de juny de 2024
