Genómica y transcriptómica
Qué hacemos
La plataforma de Genómica y Transcriptómica es un laboratorio de apoyo a la investigación enfocado a dar asesoramiento, ofrecer servicio en técnicas relacionadas con la genómica o la transcriptómica y en poner a disposición equipamiento específico para el personal investigador interno y para la comunidad científica.
Quiénes somos
Correo electrónico de contacto: transcriptomica@santpau.cat
Equipamiento
- Chromium X. Upgrade GEM-X (10x Genomics).
- SeqStudioFlex 8 (Thermo Fisher Sci)
- Absolute Q Digital PCR (Thermo Fisher Sci)
- Affymetrix GS 3000 System array platform (upgrade 7G).
- 7900HT Fast Real-Time PCR system (96-well, 384-well, and TLDA blocs) (AB-Thermo Fisher Sci)
- Bioanalyzer 2100 (Agilent Tech).
- Nanodrop 2000 (Thermo Fisher Sci).
- Qubit 3.0 (Thermo Fisher Sci)
- Infinite M200 PRO (Tecan) lector de microplacas: espectrofotómetro, fluorímetro, luminómetro.
Servicios
La Plataforma de GT ofrece los siguientes servicios:
- Cuantificación y control de calidad de muestras de ácidos nucleicos (Qubit 3.0, Nanodrop 2000 y Bioanalyzer 2100).
- Chromium Single Cell Analysis: Análisis transcriptómico / epigenómico / proteómico, a célula única a partir de muestras frescas, congeladas o fijadas. Técnicas disponibles: Single-Cell Gene Expression (3′, 5′, Flex), Single Cell Immune Profiling, Single Cell ATAC, Single Cell Multiome (ATAC+GEx).
- Procesamiento de muestras para estudios con Microarrays (Affymetrix) (Expresión génica, perfiles de miRNA, Citogenética, GWAS)
- Real-time PCR (Expresión génica, detección de miRNA, discriminación alélica, variación en número de copias (CNV), cuantificación absoluta….).
- PCR digital: Copy Number Variation, detección de dianas (ARN, ADN) en muy baja concentración (biopsia líquida, muy baja expresión génica,…), cuantificación de librerías… análisis de muestras con elevado nivel de inhibidores (vs qPCR),…
- Next-Generation Sequencing: preparación de librerías y secuenciación de exomas, secuenciación de ARNs o ADNs diana, de ARNs pequeños, secuenciación de novo, ChiP-Seq, secuenciación de gen 16S, metagenómica… La secuenciación se realiza de forma externalizada.
- Secuenciación Sanger: secuenciación de ADN, análisis de mutaciones y polimorfismos, estudios de metilación del ADN, identificación de microorganismos, confirmación de edición génica (CRISPR, TALEN, …), etc.
- Análisis de fragmentos: autenticación de líneas celulares, estudio de variación de número de copias (MLPA), pérdida de heterocigosidad (LOH), estudio de genotipado, inestabilidad de microsatélites, estudios de expansión de ADN repetitivo…
- Análisis de datos ómicos.
Formación
Algunos de los equipos utilizados para llevar a cabo estas técnicas son accesibles en formato autoservicio, para el personal investigador después de realizar una formación específica.
Desde la plataforma también se dan otras formaciones o seminarios sobre técnicas o tecnologías específicas, relacionadas con la genómica.
Calidad
La Plataforma de Genómica y transcriptómica cuenta con la certificación ISO 9001:2015, que garantiza la calidad de todos los servicios que ofrece.
Tarifes
Consulta nuestras tarifas.
