Coordinación
Sandra Camino
E-mail: SCamino@santpau.cat / transcriptomica@santpau.cat
Telf: 935537226 (ext. internes: 7226 / 8102)
Personal Técnico
Sonia Alcolea
E-mail: SAlcolea@santpau.cat / transcriptomica@santpau.cat
Telf interno: 1285
Funciones
La plataforma de Genómica y Transcriptómica es un laboratorio de apoyo a la investigación enfocado en dar consejo, ofrecer servicios específicos en técnicas genómicas o transcritómicas y en poner a disposición equipamiento específico para los investigadores y la comunidad científica.
En concreto, la Plataforma de GT ofrece los siguientes servicios:
- Cuantificación y control de calidad de muestras de ácidos nucleícos (Qubit 3.0, Nanodrop 2000 y Bioanalyzer 2100)
- Chromium Single Cell Analysis: Análisis transcriptómico / epigenómico / proteómico, a partir de célula única fresca o a partir de muestras FFPE. Técnicas disponibles (Next-GEM/GEM-X): Single Cell Gene Expression (3′, 5′, Flex), Single Cell Immune Profiling, Single Cell ATAC, Single Cell Multiome (ATAC+GEx)
- Procesamiento de muestras para estudios con Microarrays (Expresión génica, perfiles de miRNA, Citogenética, GWAS)
- Real-time PCR (Expresión génica, detección miRNA, discriminación alélica , Variación en número de copias (CNV), cuantificación absoluta….)
- PCR digital: Variación de número de copias (CNV) con muy elevada sensibilidad, detección de dianas (ARN, ADN) en muy baja concentración (biopsia líquida, muy baja expresión génica,…), cuantificación de librerías…, análisis de muestras con elevado nivel de inhibidores (vs qPCR),…
- Next-Generation Sequencing:
- preparación de librerías y secuenciación de exomas, secuenciación de ARNs o ADNs diana ( tecnología Ampli-Seq), secuenciación de ARNs pequeños, secuenciación de novo, ChiP-Seq, secuenciación de gen 16S, metagenómica…
- preparación de librerias para secuenciación d’ARN (RNA-seq) y otros
- Secuenciación Sanger: secuenciación de ADN, análisis de mutaciones y polimorfismos, estudios de metilación del ADN, identificación de microorganismos, confirmación de edición génica (CRISPR, TALEN,…) …
- Análisis de fragmentos: autetificación de líneas celulares, estudio de variación de número de copias (MLPA), pérdida de heterozigosidad (LOH), estudios de genótipado, inestabilidad de microsatélites, estudios de expansión de ADN repetitivo…
- Análisis de datos ómicos
Algunos de los equipos usados para llevar a cabo estas técnicas son accesibles, en formato autoservicio, para los investigadores tras realizar una formación específica.
La plataforma ofrece un servicio de calidad acreditado por la certificación ISO 9001:2015.
Equipamiento específico
- NUEVO! Chromium iX. Upgrade GEM-X (10x Genomics)
- NUEVO! SeqStudioFlex 8 (Thermo Fisher Sci)
- NUEVO! Absolute Q Digital PCR (ThermoFisher Sci)
- Affymetrix GS 3000 System array platform (upgrade 7G).
- 7900HT Fast Real-Time PCR system (96-well, 384-well, and TLDA blocs) (AB-ThermoFisher Sci)
- Bioanalyzer 2100 (Agilent Tech).
- Nanodrop 2000 (ThermoFisher Sci).
- Qubit 3.0 (ThermoFisher Sci)
- Infinite M200 PRO (Tecan) lector de microplacas: espectrofotómetro, fluorímetro, luminómetro.
- Ion GeneStudio S5 Next-Generation Sequencing System, con Ion Chef System (ThermoFisher Sci).
Subvenciones
- IRHSCSP. «Affymetrix Microarrays System». Cofinanciación: FEDER.
- IRHSCSP. “DNA genetic analyzer and protein arrays platform for the Genomics and Proteomics area of the Technical Laboratory for scientific and technical support”. IF07/3675-1. Cofinanciación: FEDER.
- IIBSantPau. “Adquisición de equipo para análisis genómico de célula única para la plataforma de Genómica y Transcriptómica” (IFEQ22/00041). Instituto de Salut Carlos III. Fondos Next Generation (UE).
- IIBSantPau. “Adquisición equipo de electroforesis capilar. Secuenciador 8 capilares para la plataforma de Genómica y Transcriptómica” (IFEQ22/00059). Instituto de Salut Carlos III. Fondos Next Generation (UE).
- IIBSantPau. “Adquisición de un equipo de PCR digital para la plataforma de Genómica y Transcriptómica” (IFEQ22/00060). Instituto de Salut Carlos III. Fondos Next Generation (UE).
Formularios
Formulario Plataforma Genómica y Transcriptómica
Última actualización: 06 de junio de 2024
